Wyjaśnienie: Jak działa test na koronawirusa (COVID-19)

Jak test PCR wyszukuje wirusa w wymazach? Jak dużo czasu to zajmuje? Ile próbek codziennie testuje Indie i czy mogą przetestować więcej? Jeśli to możliwe, dlaczego nie zostało jeszcze zwiększone?

Indie obecnie przeprowadzają dwuetapową reakcję PCR w czasie rzeczywistym w celu przetestowania pod kątem SARS-COV-2. (Reuters)

Jaki jest test diagnostyczny na nowego koronawirusa, który powoduje COVID-19?

ten Indian Council of Medical Research (ICMR) powiedział, że wyznaczone laboratoria użyje konwencjonalnego testu reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) w czasie rzeczywistym, który jest przeprowadzany na wymazu pobranym z tylnej części gardła, próbce cieczy z dolnych dróg oddechowych lub prostej próbce śliny. Takie testy są powszechnie stosowane w wykrywaniu wirusa grypy A, grypy B i H1N1.

Co to jest test PCR?

Wykorzystuje technikę, która tworzy kopie segmentu DNA. „Polimeraza” odnosi się do enzymów, które tworzą kopie DNA. „Reakcja łańcuchowa” polega na tym, że fragmenty DNA są kopiowane wykładniczo — jeden jest kopiowany do dwóch, dwa do czterech i tak dalej. Kary Mullis, amerykański biochemik, który wynalazł technikę PCR, otrzymał w 1993 roku Nagrodę Nobla w dziedzinie chemii.

Jednak SARS-COV-2 to wirus zbudowany z RNA, który musi zostać przekształcony w DNA. W tym celu technika obejmuje proces zwany odwrotną transkrypcją. Enzym „odwrotnej transkryptazy” przekształca RNA w DNA. Następnie wykonuje się i amplifikuje kopie DNA. Fluorescencyjny barwnik wiążący DNA, zwany sondą, wskazuje na obecność wirusa. Test odróżnia również SARS-COV-2 od innych wirusów.

Jak długo trwa proces PCR?

Badania PCR w czasie rzeczywistym skróciły czas potrzebny na badanie próbek do 4,5 godziny w porównaniu z około 6 godzinami wcześniej, powiedział naukowiec ICMR, dr RR ​​Gangakhedkar. Jednak ogólny czas realizacji – od momentu pobrania próbek do dostarczenia raportu – wynosi około 24 godzin i powinien być krótszy, powiedział.

Wyjaśniono: Pięć kroków do wykrycia koronawirusa

Jak przebiega test w Indiach?

Indie prowadzą obecnie dwuetapowy PCR w czasie rzeczywistym w celu przetestowania SARS-COV-2, powiedział starszy profesor i kierownik neurowirusologii NIMHANS, dr V Ravi. Pierwszy etap ma na celu wykrycie elementów genetycznych wspólnych dla ludzkich koronawirusów, które mogą występować w próbce. Drugi etap ma na celu przetestowanie pod kątem określonych genów obecnych tylko w wirusie SARS-COV-2.

Do początku marca wstępne badanie przesiewowe wszystkie laboratoria przeprowadziły test sprawdzający obecność dowolnego rodzaju koronawirusa, ale potwierdzenie PCR zostało wykonane tylko przez Narodowy Instytut Wirusologii w Pune. Następnie firma NIV Pune przeniosła technologię (odczynniki wymagane do potwierdzenia) do wszystkich laboratoriów, aby nie było potrzeby przechodzenia próbki aż do Pune. To skróciło czas potrzebny na przetestowanie próbek, powiedział dr Ravi.

Testowanie koronawirusa: Fałszywa krew jest widoczna w probówkach oznaczonych koronawirusem (COVID-19) na tej ilustracji wykonanej 17 marca 2020 r. (Reuters Illustration: Dado RuvicO

Czy Indie testują wystarczającą liczbę danych?

Indie mają zdolność testowania 10 000 próbek dziennie, a obecnie testują około 600-700. Dla porównania, Korea Południowa, która ma podobny czas realizacji, podobno testuje do 20 000 próbek dziennie, zwłaszcza przy użyciu modeli takich jak jej obiekty do testowania przejazdów.

Rząd argumentuje, że na tym etapie nie jest konieczne testowanie każdej osoby. Kraj testuje kohortę, którą musi na razie przetestować, powiedział dr Gangakhedkar. Jeśli korzystasz z transmisji zlokalizowanej, testujemy wystarczająco. Jeśli uważasz, że istnieje transmisja oparta na społeczności, to jest to inny problem. Powiedział, że nadal nie ma dowodów, w których nie wiemy, w jaki sposób przypadek z indeksem nabył tę infekcję.

Ekspresowe wyjaśnienie jest teraz dostępne w Telegramie. Kliknij tutaj, aby dołączyć do naszego kanału (@ieexplained) i bądź na bieżąco z najnowszymi

Nie chcemy przeprowadzać żadnych bezkrytycznych testów, ponieważ teraz wszyscy proszą o test. Więc gdzieś będziemy musieli to zracjonalizować… ale ważne jest również, aby uważać, aby nie przegapić transmisji społeczności, powiedział naukowiec ICMR, dr Nivedita Gupta podczas briefingu prasowego w zeszłym tygodniu.

Jaka będzie strategia, jeśli nastąpi transmisja w społeczności?

ICMR prowadzi nadzór pod kątem wszelkich dowodów transmisji ze społeczności, a każde z 52 laboratoriów badawczych w Indiach bada 20 losowych próbek pacjentów z ciężką ostrą infekcją dróg oddechowych (SARI). Oczekuje się, że „pierwsze cięcie” tych testów zostanie opublikowane w środę. ICMR powiedział, że w przypadku wykrycia przypadku transmisji przez społeczność z tych testów inwigilacyjnych, strategie rządu będą zupełnie inne.

Pandemia koronawirusa: w szpitalu w New Delhi. (Zdjęcie/Plik PTI)

Czy istnieją bariery w zwiększaniu skali testowania?

Koszt jest potencjalną barierą, czują niektórzy eksperci. Urzędnicy ICMR powiedzieli na konferencji, że koszt podstawowego testu na COVID-19 wynosi 1500 rupii. Jeśli ma zostać wykonany drugi test w celu potwierdzenia wyników pierwszego testu, całkowity koszt wynosi około 5000 rupii. Jeden z urzędników powiedział też, że czynnikiem ograniczającym są stosowane sondy, które są sprowadzane z Niemiec.

Chociaż wzrosła liczba ośrodków badawczych, zwiększył się również import sond. W zeszłym tygodniu Indie chciały sprowadzić około 200 000 sond, podczas gdy w poniedziałek dr Gangakhedkar powiedział, że rząd planuje importować około miliona.

Pandemia koronawirusa: kiedy i kogo testować

Czy Indie mogą robić rzeczy inaczej?

Według dyrektora wykonawczego Translational Health Science and Technology Institute India, dr Gagandeepa Kanga, Indie zaczęły robić dokładnie to, co zostało zalecone krajowi, do którego choroba była importowana. Jednak badanie i obserwacja osób przybywających do kraju oraz poddawanie obserwacjom tych, z którymi się zetknęły, jest racjonalnym i odpowiednim podejściem, jeśli jedynym ryzykiem było zaimportowanie choroby, a obserwacja i badania wynosiły 100 %, powiedziała.

Ale może się zdarzyć, że z tą infekcją możesz zrzucić jeszcze zanim pojawią się objawy, a u bardzo niewielu możesz nigdy nie mieć objawów, więc możesz przenosić ją na inne osoby, nie wiedząc, że jesteś zarażony, powiedziała. Ten rodzaj złożoności… sprawia, że ​​trzeba pomyśleć o strategii tworzenia kopii zapasowych, aby sprawdzić, czy rzeczywiście czegoś nie przegapiłeś – powiedziała. Moglibyśmy zrobić więcej.

Czy nadzór ICMR pomoże?

Decyzja ICMR jest dobrym krokiem, ale są regiony, które takie ćwiczenie pominięto, powiedział dr Kang. Powiedziała, że ​​jeśli co tydzień testujesz próbki z każdego laboratorium ds. grypy, to jeśli znajdziesz choć jeden wynik pozytywny, będzie to oznaczać, że wiele przegapiłeś.

Według dr Kanga możliwe jest wykorzystanie modelowania matematycznego, aby zrozumieć, co dałoby rządowi rozsądną szansę na stwierdzenie, czy istnieje już transmisja społecznościowa. Myślę, że byłoby wspaniale mieć taki model, jaki ma Singapur, gdzie każdy lekarz, który ma podejrzenie kliniczne, nawet jeśli nie pasuje do opisu, może wysłać swojego pacjenta na badanie – dodała.

– Wkłady kowieńskiego szeryfa M

Podziel Się Z Przyjaciółmi: