Wyjaśnienie: Pięć kroków do wykrycia koronawirusa (COVID-19)

Proces został wyjaśniony The Indian Express przez dr V Ravi, starszego profesora i kierownika Departamentu Neurowirusologii, NIMHANS.

Fałszywa krew jest widoczna w probówkach oznaczonych koronawirusem (COVID-19) na tej ilustracji wykonanej 17 marca 2020 r. (Reuters)

Dr V Ravi, starszy profesor i kierownik Katedry Neurowirusologii, NIMHANS, wyjaśnia proces wykrywania koronawirusa ta strona internetowa . Oto pięć kroków:

Odbiór i transport

Ośrodek badawczy pobiera wymazy z jamy nosowej i tylnej części gardła (gardła) i umieszcza próbki w pożywce transportowej wirusa, która zawiera zbilansowane sole i albuminę, aby zapobiec rozpadowi wirusa. Próbka jest następnie transportowana w chłodni do laboratorium badawczego.

Ekstrakcja wirusowego RNA

Koronawirusy, takie jak SARS-CoV (który pojawił się w Chinach w latach 2002-03), MERS-CoV (który pojawił się w Arabii Saudyjskiej w 2012 roku) lub obecny SARS-CoV-2, który spowodował pandemię COVID-19, mają duże , jednoniciowe genomy RNA. Laboratorium testowe ekstrahuje RNA z próbek przy użyciu dostępnych w handlu zestawów (takich jak te produkowane przez firmy takie jak QIAGEN).

Umieszczanie RNA w mieszaninie PCR

Wyekstrahowany RNA jest dodawany do mieszaniny reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR). Obejmuje to „master mix”, który zawiera enzym „odwrotnej transkryptazy”, który przekształca RNA w DNA. Mieszanka główna zawiera polimerazę Taq, enzym, który tworzy kopie DNA, nukleotydy, a także inne pierwiastki, takie jak magnez — którego jon jest potrzebny do amplifikacji DNA.

Mieszanka PCR zawiera również „odczynniki”, takie jak „startery” i „sondy”. Startery to określone nici DNA, które są zaprojektowane do wiązania się z DNA, które ma być kopiowane; sondy służą do wykrywania określonej sekwencji w próbce DNA. WHO zaleciła określone startery i sondy do testowania na COVID-19.

Wreszcie, mieszanka PCR składa się z genu porządkowego — normalnego ludzkiego genu (RNazy P), który jest używany do zapewnienia, że ​​próbki zostały prawidłowo zebrane i wyekstrahowane RNA.

Amplifikacja wirusowego DNA

Próbka w mieszaninie PCR jest umieszczana w probówkach lub płytkach, które są następnie umieszczane w termocyklerze, który jest używany do przeprowadzenia procesu PCR.

Najpierw RNA jest przekształcane w DNA. Następnie rozpoczyna się proces kopiowania genów. Termocykler ogrzewa i chłodzi mieszaninę z próbką, naprzemiennie w trzech temperaturach — do topienia DNA w celu oddzielenia dwóch nici, do związania startera z DNA i do syntezy nowej nici — wszystko w ciągu jednego cyklu, który trwa jeden minuta. Termocykler wykonuje 30-40 takich cykli w celu amplifikacji DNA w celu sprawdzenia obecności wirusa.

Testowanie z kontrolami

Zamplifikowane DNA jest testowane względem kontroli pozytywnej, która zwykle składa się z genów wirusa sklonowanych do plazmidu, oraz kontroli negatywnej, która jest „znaną” próbką, która wcześniej dała wynik negatywny na obecność wirusa.

RNaza P powinna wykazywać amplifikację, kontrola dodatnia powinna być dodatnia, kontrola ujemna powinna być ujemna, a zatem jakikolwiek wynik uzyskany dla próbki jest wynikiem prawidłowym, powiedział neurowirusolog dr V Ravi. Aby test był ważny przed opublikowaniem wyniku, muszą zostać spełnione określone „kryteria ważności”.

Nie przegap Objaśnionego | Jak działa test na COVID-19

Jeśli gen porządkowy (RNaza P) jest dodatni, kontrola dodatnia jest dodatnia, kontrola ujemna jest ujemna, a próbka nie wykazuje żadnego pozytywnego wyniku PCR, próbkę uznaje się za ujemną pod względem RNA wirusa SARS-CoV-2. Jeśli wynik PCR jest pozytywny, pacjent ma COVID-19.

Podziel Się Z Przyjaciółmi: